O estudo de espécies da flora do Brasil, reconhecida como a mais rica do mundo (Forzza et al. 2012) tem uma longa trajetória. Ao longo dos séculos 18 e 19, naturalistas estrangeiros e alguns poucos botânicos brasileiros coletaram aqui amostras vegetais para enviá-las aos herbários europeus. Grande parte das coleções destes naturalistas foi utilizada na descrição de novos táxons (tipos nomenclaturais) ou integraram o conjunto de amostras que serviram de base para descrição das mais de 22.000 espécies da Flora Brasiliensis (Martius, Eichler & Urban 1840–1906). O Programa REFLORA/CNPq, lançado em 2010 pelo governo brasileiro, tem como objetivo principal o resgate, através de imagens em alta resolução, de espécimes da flora brasileira depositados em herbários estrangeiros, para disponibilização ampla e irrestrita no Herbário Virtual Reflora. A partir de 2014, o SiBBr (Sistema de Informação sobre a Biodiversidade Brasileira) e o IFN (Inventário Florestal Nacional) somaram esforços à esta iniciativa, o que possibilitou a entrada de outros herbários europeus, norte americanos e brasileiros no projeto.

O sistema do Herbário Virtual Reflora foi desenvolvido em uma parceria do JBRJ (Jardim Botânico do Rio de Janeiro) com a COPPE (Instituto Alberto Luiz Coimbra de Pós-Graduação e Pesquisa de Engenharia – UFRJ). A estrutura do sistema está armazenada nos servidores do JBRJ, que é responsável pelo recebimento, armazenamento e publicação das imagens. Assim como o Herbário Virtual Reflora, o sistema da “Flora”, que existe desde 2008 e já passou por diferentes etapas (a saber: Lista de Espécies da Flora do Brasil, Flora do Brasil 2020 e Flora e Funga do Brasil), também é parte integrante do Programa Reflora. Neste contexto, a Flora e Funga do Brasil funciona como um validador para os nomes atribuídos às imagens do Herbário Virtual Reflora, que também é atualizado e enriquecido por taxonomistas trabalhando em rede em um sistema online. O Programa Reflora foi de extrema importância para que o Brasil conseguisse cumprir as Metas 1 estabelecidas pela Estratégia Global para a Conservação de Plantas, no âmbito da Convenção da Diversidade Biológica (CDB), para os anos de 2010 e 2020. Os desafios para conhecer e estudar a biodiversidade não cessam e os sistemas Reflora pretendem continuar desempenhando o papel de disponibilizar de forma ampla e irrestrita dados acurados sobre as plantas, algas e fungos do Brasil.